Os custos de gestão anual da Casa da Música deverão rondar os 15 a 20 milhões de euros. A obra será uma fundação, gerida por capitais essencialmente públicos tal como adiantou o Conselho de Administração da Casa da Música, SA, presidido por Couto dos Santos. O restante capital será assegurado por parceiros privados, à semelhança do que acontece com a Fundação de Serralves.
A obra foi idealizada pela Porto 2001, capital europeia da Cultura, em 1998. A Casa da Música no Porto começou a ser construída um ano depois. Rem Koolhaas foi o arquitecto escolhido para projectar o edifício. A partir dessa data muitas foram as evoluções no que diz respeito ao orçamento da obra. Do custo inicial de 15 milhões de euros, a Casa da Música acabou por ficar seis vezes mais cara. O orçamento final fixou-se em 99 milhões de euros.
Os aumentos sucessivos da área de construção, a não contabilização de obras acessórias e frequentes renegociações contratuais são alguns dos factores apontados para as derrapagens financeiras. Para além destas, a Casa da Música demorou também mais tempo do que o previsto a ser construída. Apontada como uma obra do Porto 2001, Capital Europeia da Cultura, o edificio acaba por ser inaugurado apenas em 2005.
O estilo arquitectónico adoptado foi uma das questões que levantou mais polémica na construção da Casa da Música. O projecto inicial previa uma área de nove mil metros quadrados. A Casa da Música acabou por fixar-se nos actuais 21 mil metros quadrados. Para além dos cinco presidentes que conheceu, a construção da Casa da Música conheceu quatro primeiros-ministros, seis ministros da cultura, três presidentes da Câmara e três vereadores da cultura.
